Ο Χρήστος Λιονής υπηρέτησε ως Καθηγητής Γενικής Ιατρικής και Πρωτοβάθμιας Φροντίδας Υγείας την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης από το 1994 μέχρι τον Αύγουστο του 2022.  Τον Ιανουάριο του 2023 έλαβε τον τίτλο του Ομότιμου Καθηγητή του Πανεπιστημίου Κρήτης και υπηρετεί το Εργαστήριο Υγεία και Κοινωνία της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Κρήτης και το Ινστιτούτο Έρευνας στην Εκπαίδευση και τις Ψηφιακές Ανθρωπιστικές και Κοινωνικές Επιστήμες. Τον Δεκέμβριο του 2024 επίσης εκλέχθηκε Καθηγητής της Πρωτοβάθμιας Φροντίδας Υγείας και Δημόσιας Υγείας στο Τμήμα Ψυχολογίας της Σχολής Κοινωνικών και Ανθρωπιστικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Λεμεσού στην Κύπρο.  Το Μάρτιο του 2026 λειτουργεί ως Συν-διευθυντής στο Συνεργαζόμενο με την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης Κέντρο του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας. Στο εξωτερικό διετέλεσε μέλος του Δ.Σ. της Ευρωπαϊκής Εταιρείας Γενικής/Οικογενειακής Ιατρικής και Αντιπρόεδρος του Ευρωπαϊκού Δικτύου Έρευνας στη Γενική Ιατρική. Διατελεί μέχρι σήμερα διευθυντής ή αναπληρωτής διευθυντής σύνταξης σε διεθνή περιοδικά και μέλος διοικητικών συμβουλίων ευρωπαϊκών δικτύων σχετικών με τη γενική/οικογενειακή ιατρική. Ερευνητικές του προτάσεις έχουν χρηματοδοτηθεί από την Ευρωπαϊκή Ένωση και έχει  δημοσιεύσει περί τα 485 άρθρα σε ξενόγλωσσα περιοδικά που παρουσιάζονται στο PubMed με απήχηση που εκτιμάται ως h-index 74, και συνολικό αριθμό αναφορών 52,786 (Google Scholar 1 Ιουλίου 2026). Ο κ. Λιονής έχει αναγνωρισθεί ως fellow από το Βασιλικό Κολλέγιο των Γενικών Ιατρών της Μεγάλης Βρετανίας (2009), από την Ευρωπαϊκή Εταιρία Καρδιολογίας (2017) και την Παγκόσμια Εταιρεία Γενικής/Οικογενειακής Ιατρικής (2016). Ο κ. Λιονής ορίστηκε μετά από επιλογή (2019) μέλος της Ευρωπαϊκής Επιτροπής Εμπειρογνωμόνων για  την Επένδυση στην Υγεία (European Commission Expert Panel on Effective Ways of Investing in Health) μέχρι την ολοκλήρωση της θητείας της στο τέλος του 2022. Το 2021 ο κ. Λιονής ορίστηκε τακτικό μέλος της Εθνικής Επιτροπής Ψυχικής Υγείας του Υπουργείου Υγείας, ενώ από το τέλος του ίδιου έτους υπηρετεί μέχρι σήμερα ως μέλος την Εθνική Επιτροπή Βιοηθικής και Τεχνοηθικής.  Το ίδιο έτος εκλέχθηκε Πρόεδρος της Επιτροπής της Ψυχικής Υγείας (Working Party on Mental Health) της  Παγκόσμιας Εταιρίας Γενικής/Οικογενειακής Ιατρικής (WONCA), θέση στην οποία παρέμεινε μέχρι και τον Απρίλιο του 2026. Το 2022 επίσης ο κ. Λιονής επιλέχθηκε ως μέλος της Επιστημονικού Συμβουλίου για τα Εμβόλια του Ευρωπαϊκού Γραφείου για τα Φάρμακα (European Medicines Agency of Medicines) και ολοκλήρωσε τη θητεία του το 2025.